Die Eltern waren Karl Ludwig Heuser und Maria Franziska Carra, Tochter des damaligen Gutsbesitzers Ludwig Carra.
Nachdem der Vater als Ingenieur beim Bau der Bayerischen Staatsbau eingesetzt wurde, kam Emil Heuser nach München und studierte dort am Polittechnikum. Das Studium wurde durch die Teilnahme am deutsch-französischen Krieg 1870/71 unterbrochen.
Nach Abschluß des Studiums war Heuser von 1874 bis 1880 im türkischen Eisenbahnbau tätig. Anschließend kam er in den Dienst der damals noch selbständigen Pfalzbahnen, die später von den Bayerischen Staatsbahnen übernommen wurden. Zweibrücken und Landau waren Stationen seines Wirkens bevor er 1896 in Speyer Bahnhofsvorstand wurde, und zwar bis zu seiner Pensionierung 1920.
Er war als Kriegsteilnehmer 1914/18 Kompanieführer, zuletzt Major d.R. bei der Pioneertruppe. Den Ruhestand verbrachte Heuser zunächst in Deidesheim und zuletzt in Ludwigshafen wo er am 24. Februar 1928 verstarb.
Heuser war mit Clementine Streiter aus Bayreuth verheiratet. Der Ehe entstammten drei Töchter von denen berichtet wird, dass die charmanten Heuser-Mädels in dem damaligen Speyer „rühmlich“ bekannt gewesen seien.
Was Heuser über unsere engere Heimat hinaus bekannt machte ist, dass er sich neben seinem Beruf wissenschaftlich betätigte. Er war ein Forscher und Autor, der sich vorzugsweise mit der pfälzischen Geschichte und hier wiederum mit der Orts- und Kulturgeschichte befasste. Zu seinen umfangreichen Publikationen gehören unter anderem „Pfälzerland in der Vergangenheit“, ein „Pfalzführer“, Geschichtsbeiträge über Landau und Speyer, kompetente Veröffentlichungen über die Münzkunde in der Pfalz und über die pfälzischen Porzellanmanufakturen im 18. Jahrhundert.
Er wurde als volkstümlicher Pfälzer bezeichnet, der sein Land mit viel Liebe erkundete. Er war Mitglied und Ehrenmitglied in einer ganzen Reihe von Institutionen der historischen Wissenschaft.In der Würdigung dieses bewundernswerten Lebens heißt es: „Er ist fast 77 Jahre alt geworden und sein Geist war bis zuletzt wach“, das Herz fröhlich: Ein echter Pfälzer – und unter den Heimatforschern der Pfalz einer der Bedeutenden.